Za veliteľa hradnej posádky vymenoval Chorváta Mikuláša Jajcaja (Jayczay), kastelánom sa stal Jakub Mlinár. Veliteľ hradnej posádky - kapitán hradu mal pomerne veľkú právomoc. V neprítomnosti svojho pána sa staral o bezpečnosť hradu a mal dozor nad celým panstvom. V archívoch sa zachovalo viacero listov tohto pajštúnskeho kapitána. Zaujímavá je jeho korešpondencia z mestom Bratislava. Dňa 12. septembra 1547 písomne žiadal mesto o správu, či jeho zástupcovia nevedia, kde sa nachádzajú zbojníci. Oznamuje im, že ich dá hľadať i v lesoch a tých, ktorých dopadne odmení podľa zásluhy. O dva roky neskôr, 7. januára 1549 listom oznamuje rade mesta Bratislavy, že väzní na Pajštúnskom hrade niekoľko zbojníkov, ktorí tvrdia, že sú poddaní jeho pána zo Záhorskej Bystrice (Záhorská Bystrica patrila pod Pajštúnske panstvo). Zbojníci vraj tvrdia, že ulúpenú korisť skryli u Juraja Repáča (Repats), ktorý bol minulý rok (1548) richtárom Lamača (Lamač bol vtedy poddanskou osadou mesta Bratislava). Jajcaj ďalej píše, že vyzval Repáča, aby sa dostavil na Pajštúnsky hrad a vysvetlil odkiaľ má nájdené veci. Repáč sa však zdráhal a oznámil Jajcajovi, že na hrad sa dostaví len za vedomia a súhlasu mesta Bratislavy. Jajcaj preto ďalej v liste žiada od mesta súhlas a zároveň sľubuje, že sa Repáčovi nič nestane. Ďalší Jajcajov list z mája roku 1549 tento prípad vysvetľuje. Píše v ňom, že mestskí poddaní osady Lamač našli v chotári pajštúnskeho panstva poklad, ktorý tajne vykopali a odniesli. Žiada mesto aby mince aj ich nálezcov vydali.
Známe sú aj spory, ktoré mal spomínaný hradný kapitán s mariatálskymi pavlínmi. Tí sa sťažovali, že im Jajcaj odobral lúky pod Pajštúnskym hradom, ktoré im oddávna patrili. Nový majiteľ Gašpar Serédy sa o svoje panstvá staral a zveľaďoval ich. Z juhu utekalo pred Turkmi pôvodné chorvátske obyvateľstvo a prichádzalo na juhozápadné Slovensko. Serédy ich rád usadzoval na svojich majetkoch. O potomkoch týchto Chorvátov dodnes svedčia mnohé mená s koncovkou -ič, -čič. Gašpar Serédy zomrel 1. marca 1550 a nechal sa pochovať v hrobke gotického farského kostola sv. Juraja vo Svätom Jure. Jeho mramorový náhrobok v podobe tumby stál uprostred hlavnej lode pred kazateľnicou. V roku 1773 ho premiestnili do bočnej kaplnky, kde sa nachádza podnes. Gašparov syn Ján na zálohované dedičstvo nemal nárok a zomrel dva roky po smrti svojho otca. Pajštún opäť na krátky čas pripadol kráľovskej korune. Na Pajštúnsky hrad si na základe príbuzenského vzťahu robil nárok rod grófov zo Salmu a Neuburgu.